1、塑料袋真空保存法：在塑料袋中放入裝有生石灰的小麻袋，然後將去除雜質的黑枸杞放入塑料袋中，烤封塑料袋口，抽出袋空氣，置陰涼處貯存。應用此法，需隨時檢查，防止漏氣。另外，石灰不可過多，應視黑枸杞含水量和其他情況而定。
2、冷藏法：將黑枸杞置於冰箱或其他的冷藏設備中0~4℃保存，此法是簡單、實用的一種貯藏方法。
3、黴變處理方法：將黴變的黑枸杞置於圓簸箕中，雙手將結塊者搓散，棄去嚴重變質者，噴淋適量白酒，濕潤表面白斑處，雙手搓除斑，反復多次，直至無斑。然後用微火焙幹，並常用手輕搓翻動，使之散發水汽，出鍋過篩，然後密封保存。
