1、物理方法：在畜禽場內使用的方法就是及時地清除糞便。應特別註意死角中的糞便和污水，盡可能保持畜禽糞幹燥。搞好畜禽場的清潔衛生，定期消毒。妥善處理清除的糞便，及時拉走或發酵。畜禽場的廢舊墊料和病死畜禽也要妥善處理。
2、生物學方法：控制蒼蠅的生物學方法就是在糞便中培養蒼蠅的天敵。蒼蠅的天敵包括甲蟲、蟎和黃蜂等。在自然情況下，糞便中蒼蠅的天敵較少。幹燥的畜禽糞有利於蒼蠅天敵的發育，我們可以定期在畜禽舍的糞便上投放蒼蠅的天敵。
3、化學藥物法：化學藥物是控制蒼蠅的最有效武器。化學藥物不僅可以殺死成蠅，也可以殺死蠅卵和幼蟲。化學藥物分為殺幼蟲劑和殺成蟲劑。
4、殺幼蟲劑：高效殺幼蟲劑主要作用於蒼蠅發育過程中的幼體階段，施藥兩周後才能看到效果，這類殺蟲劑可以直接噴灑在畜禽糞便上或噴灑在清除糞便後的地面上。目前國內殺滅蠅幼蟲的殺蟲劑的有：殺螟松，倍硫磷，馬拉硫磷，敵百蟲，有苯二威。
蒼蠅能夠傳播50多種疾病，對畜禽養殖有影響的其中重要的疾病有：禽流感、新城疫、口蹄疫、豬瘟、禽多殺性巴氏桿菌、禽大腸桿菌、球蟲病等，在疾病暴發時可加速遊行性疫病的傳播。所以一定要及時消除。
