1、自制的酸奶不是很安全，自制酸奶會有有害菌污染，酸奶是牛奶經過乳酸菌發酵而成的，屬於發酵乳。國標中允許發酵乳使用添加劑，這是生產工藝的需要。添加劑合理限量使用，並不會對人體健康產生危害。所以，不用太擔心酸奶含添加劑的問題。自制酸奶可以不用添加劑。不過，這並不意味著自制酸奶會更安全。因為，自制酸奶需要發酵，發酵需要微生物參與。由於環境中也存在大量細菌，所以發酵前必須對原料牛奶和發酵器具等進行殺菌。然而，普通傢庭環境中自制酸奶，基本無法保證嚴格的殺菌條件。
2、自制酸奶口感不好，有做過酸奶的朋友應該都知道,我們自己制作的酸奶在口感上要比外面買到的酸奶差一些。這是因為自制酸奶需要在42C~45°C的環境中進行發酵，這是保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌混合後的最適宜生長溫度。但是，普通傢庭自制酸奶很難保證這樣的條件，極易受天氣影響，受熱不均勻，容易發酵過度或發酵不足，最終導致自制酸奶的口感並不好的主要原因。
3、酸奶和很多食物搭配起來都很不錯，特別是早餐配著面包、點心，有幹有稀，口感好還營養豐富。但千萬不要和香腸、臘肉等高油脂的加工肉品一起食用。因為加工肉品內添加瞭硝，也就是亞硝酸，會和酸奶中的胺形成亞硝胺，是致癌物。
4、酸奶機材質不安全，某媒體抽樣市場酸奶機的60%都是不銹鋼，而且都是低價產品，不知名產品。而風險監測發現，用不銹鋼容器盛放酸性物質，存在化學反應滲出有害金屬問題。而長時間使用不銹鋼酸奶機，不銹鋼內膽被酸性分解，滲出鎳（nie）和鉻（ge）。而當鎳和鉻攝入超過一定標準的話，對器官和大腦發育會有一定損害，比如說記憶力衰退等肝功能問題。
