1、酷捕濫撈導致長江無魚
酷捕濫撈是淡水魚資源大幅衰減的主要“兇手”之一，不僅削減漁業資源的“存量”，還嚴重破壞“增量”。長江中下遊包括兩湖流域，漁民使用電捕、“迷魂陣”、人工圍堤、密眼網具等違法捕撈行為廣泛存在。漁獲物呈現數量少、質量低、幼齡化的趨勢。這種竭澤而漁的方式對長江漁業資源的破壞是毀滅性的。
2、江豚、白鱘等大型珍稀動物無食
白鱀豚、江豚、白鱘等大型珍稀保護動物都是以魚為食的。除瞭非法捕撈手段和輪船螺旋槳對它們造成傷害外，導致這幾種動物消失或數量銳減的重要原因，就是魚類數量銳減。長江“無魚”，最直接傷害的就是這些處於食物鏈金字塔頂端的大型動物。作為長江的旗艦物種，白鱀豚已被宣佈功能性滅絕，白鱘已宣佈滅絕；江豚僅剩千餘頭，若再不采取措施，或在15年後消失。旗艦物種不在，長江生態系統危矣。
3、天然種質資源庫最後保種
目前，四大傢魚占我國淡水漁業養殖產量約50%，然而其種質資源質量整體在下降。根據我國“三江”(長江、珠江、黑龍江)“四大傢魚”種質調查結果，長江水系的種質無論是表型還是遺傳多樣性等方面都是最好的。因此，通過全面禁漁保住長江這個天然種質資源庫，恢復長江野生魚類的自然生態系統，關系到淡水養殖業的發展和未來。
4、現行的禁漁期制度存在天然缺陷
每年3-4個月的禁漁期制度對漁業資源保護起到瞭一定的效果，然而，由於酷捕濫撈的屢禁不絕，自然繁衍的後代還來不及長大就在3個月解禁後被捕撈。此外，目前開展的人工增殖放流活動，往往形式大於內容。放流的魚苗不久就可能被捕撈出現在市場上，實際效果大打折扣。而且，增殖放流還存在著影響或改變魚類種群遺傳結構的風險。
