1、交易標的不同。新三板是純粹的股權交易平臺，交易標的是中關村科技園去非上市股份有限公司的股權；產權交易所則沒有區分資產與股權的概念，交易標的包含股權，也涉及知識產權、技術產權、金融業產權等企業資產。所以嚴格意義來講，產權交易所並不能被視為我國的證券市場的一部分，目前隻能歸其“場外交易市場”。
2、掛牌公司不同。新三板的掛牌公司一定是符合條件的非上市股份有限公司，產權交易所的交易主體並無此要求，股份公司、有限公司、甚至擁有經營性國有資產的事業單位，都可以成為交易主體。
3、管理機構不同。新三板目前由中國證券業協會監管；產權交易所的監管單位為各地方的國有資產管理部門。
4、交易制度不同。新三板的交易制度是按照“證券公司代辦股份報價轉讓制度”，即由買賣雙方在協商議價後，再通過證券公司的委托報價和深圳證券交易所的清算交割平臺完成交易；產權交易所實際上隻是一個由國有資產主管機構監管的交易所，並不存在交易系統，也不需要線上交易，隻需要在監管部門的督導下完成產權交易即可。
5、交易監管規則不同。新三板的監管規則在掛牌公司治理結構、信息披露、財務數據等方面都比照瞭上市公司的要求，隻是在具體標準上有所降低;產權交易所的監管規則由各地主管部門制定，通常沒有太多限制，隻是對國有資產的轉讓有嚴格的評估標準和評估程序。
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