1、藥劑消毒法在播種前後將藥劑施入土壤中，目的是防止種子帶菌和土傳病害的蔓延。主要施藥方法如下：噴淋或澆灌法：將藥劑用清水稀釋成一定濃度，用噴霧器噴淋於土壤表層，或直接灌到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土中病菌。噴淋施藥處理土壤適用於大田、育苗營養土等。常用消毒劑有綠亨1號、綠亨2號等，防治苗期病害，效果顯著。
2、硫黃消毒法：將硝石灰、硫黃、鋸末充分拌勻，具體用量硝石灰100千克/公頃、硫黃2～3千克/公頃、鋸末500～750千克/公頃，均勻撒在土壤表面，用鐵鍬或釘耙深翻混合，再用大水灌透，覆蓋塑料薄膜，並將薄膜四周用土壓實蓋嚴，保持10天左右。此法最好在夏季使用，有利於提高土壤溫度，達到充分殺滅土壤中病蟲的目的。
3、物理消毒法1）太陽能消毒：方法是在溫室或田間作物采收後，連根拔除田間老株，多施有機肥料，然後把地翻平整好，在7～8月份，氣溫達35℃以上時，用透明吸熱薄膜覆蓋好，土壤溫度可升至50～60℃，密閉15～20天，可殺死土壤中的各種病菌。這一方法大都在我國北方地區連年種植草莓、西瓜、花卉的大棚溫室裡應用。近年南方設施西瓜大棚內也用此法消毒，灌水後還能起到洗鹽的作用。
4、蒸汽熱消毒：是用蒸汽鍋爐加熱，通過導管把蒸汽熱能送到土壤中，使土壤溫度升高，殺死病原菌，以達到防治土傳病害的目的。這種消毒方法要求設備比較復雜，隻適合經濟價值較高的作物及苗床上小面積施用。
5、火燒消毒：在露地苗床上，將幹柴草平鋪在床面上點燃，這樣不但可消滅表土中的病菌、害蟲和蟲卵，翻耕後還能增加部分鉀肥。
6、此外，還有毒土法、氰氨化鈣土壤處理、溴甲烷土壤處理等消毒方法，可根據實際種植的種類、具體栽培條件進行合理選擇。
