1、容器選擇：
蜂巢蜜在長期保存時不能用金屬容器，原因是蜂巢蜜本身是一種微酸性物質，長期使用金屬容器保存蜂巢蜜易發生氧化反應而影響質量和保質期，另外蜂巢蜜也最好不要用塑料容器長期保存，那麼用什麼容器保存蜂巢蜜最好呢？事實上長期保存蜂巢蜜最好選擇陶瓷容器或玻璃容器。
2、嚴防進水：
蜂巢蜜在保存過程中最害怕的是水分，原因是蜂巢蜜本身是糖的過飽和溶液且滲透壓非常高，高滲透壓下很多微生物無法正常生存，但若混入水分則易因微生物大量繁殖而變質，尤其是取用時一定要確保勺子的幹燥，事實上很多蜂巢蜜變質都是因取用時使用瞭帶水的勺子而導致的。
3、密封保存：
蜂巢蜜密封保存可以大大延長保質期，原因是密封能有效防止空氣中的微生物進入蜂巢蜜中，同時蜂巢蜜有較強的潤澤性易吸收空氣中的水分而導致變質，另外蜂巢蜜有較強的吸附性易吸附空氣中其他氣味而導致串味，例如蜂巢蜜長期與大蒜一起保存會使蜂巢蜜帶有濃濃的大蒜味。
4、取用正確：
蜂巢蜜取用時一定要確保勺子的清潔，原因是勺子上附帶的東西極有可能會污染蜂巢蜜，同時在取用蜂巢蜜時一定要用幹燥的勺子，用帶水的勺子取用蜂巢蜜會加快變質速度(原因前面已經說瞭)，另外取用完成後要及時將容器密封好，因為長時間敞開保存也極容易導致蜂巢蜜變質。
5、總結：蜂巢蜜對保存方式沒有要求，既可以在常溫下保存，也可以放在冰箱中保存，事實上蜂巢蜜隻要密封好完全可以長時間保存，但前提必須是自然成熟的蜂巢蜜，假蜂巢蜜可能很快就會變質。
