1、曬幹保存
保存百合最常見的方法就是曬幹後保存，也就是人們經常看到的幹百合，具體方法是將鮮百合一瓣瓣剝下來，洗凈後減掉黑色的部分，然後放在太陽地下暴曬，曬幹後用紙袋裝起來放在通風透氣幹燥的地方即可，一般情況下，保存半年到1年應該不成問題。隻不過幹百合的口感會比鮮百合差很多。
2、冰箱保存
一般大傢都會選擇用冰箱冷藏保存，但是冷藏也要註意方法，不能就直接放進去，要將其放在碗中，用幹凈的清水將百合淹沒，然後放入冰箱2-6℃的冷藏層進行保存，每天都要換一次水，這樣一般情況下可以保存4-5天左右，如果放在零下的冷凍層保存的話，大概可以保存三個月。
3、地窖保存
鮮百合放地窖裡保存，由於地窖空氣稀少、溫度低，至少可以保存三個月以上。地窖裡面的空氣稀少，減少瞭鮮百合的有氧呼吸以及消耗的能量。另外地窖裡面的溫度較室外要低很多，進一步降低瞭植物的有氧呼吸作用，兩者加起來足以使鮮百合保存很長的時間。
4、水果保鮮劑保存
百合商販常用水果保鮮劑保存百合，選用對青黴有抑制效果的保鮮劑對百合進行保存。用果蔬專用液體保鮮劑浸泡百合10分鐘左右，然後撈出，晾幹即可。
5、真空保存
真空保存是百合保存中最實用的方法，將鮮百合洗凈晾幹後用塑料袋將其裝起來，並用紙盒子裝著，然後放在冰箱冷藏可以保存7-10天，冷凍可以保存半年，如果放在地窖或者放在泥土下層進行土藏的話，可以保存三個月到半年不等，當然，地窖保存的時間會比土藏保存時間要久。
6、泥土保存
用塑料袋將百合裝好，把塑料裡面的空氣盡量除盡，然後放進一個堅實的塑料盒子裡面。泥土保存其實和地窖保存的道理是相同的，但更加廣泛實用一些，適合沒有地窖的人。但效果較差，適合保存近一個月。
