1、受到貴族誣害以及秦惠文王的猜忌,車裂而死。前338年，秦孝公病危，想傳位於商鞅，商鞅推辭不接受。同年，秦孝公去世，其子惠文王嬴駟即位，即秦惠王。
2、這時，商鞅想要告老退休，有人向秦惠王說：“大臣功高蓋主就會危害國傢社稷，對身邊的人過於親近就會惹來殺身之禍。現如今秦國的男女老幼隻知道商鞅的新法，而不知道君上您。況且君上您與商鞅有仇，願君上早下決斷。”
3、正在這時，公子虔等人借機告發商鞅謀反，秦惠文君於是派人捉拿商鞅。商鞅逃亡至邊關，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，見他未帶任何憑證，便告訴他說“商君之法”（即商鞅之法）規定，留宿無憑證的客人是要“連坐”治罪的。商鞅感嘆“制定的新法竟然遺害到瞭這種地步”，這就是成語“作法自斃”的來歷。
4、商鞅想逃到魏國去避難，但魏國因他曾經背信攻破魏帥，並生擒公子昂，拒絕他入境。無奈，商鞅便潛回到他的封地商邑，立即組織邑兵北出擊鄭國（今陜西省華縣）。秦國遂發兵討之，商鞅兵敗，被殺於鄭國黽池（今河南澠池）。其屍身被帶回咸陽，秦惠王又下令處以“車裂之刑”，商鞅的傢族人員也被殺害。
