1、檸檬蜂蜜在制作完成後，要放在25度以下的恒溫中保存，讓檸檬蜂蜜完成泡制過程，從而更好的發揮其營養價值，而放在冰箱冷凍層則達不到這個效果。
2、嚴格消毒無開封的檸檬蜂蜜放在冰箱可以保存1-3個月。蜂蜜具有防腐作用，用蜂蜜浸泡的檸檬也可以保持很久不會腐壞，放在冰箱中更是可以保存長達三個月左右。
3、蜂蜜檸檬溫度較低的時候不放冰箱也還是可以的。溫度較低的時候蜂蜜檸檬水中細菌滋生較少，因此不放在冰箱常溫放置也是可以的，若是溫度高於15攝氏度，就需要即泡即喝，不能長時間放置瞭。
4、蜂蜜檸檬水在常溫中保存的話一定要蓋蓋子，減少一些細菌進入蜂蜜檸檬水中的概率。
