腸道菌群失調在臨床上比較常見，輕則是慢性腹瀉，重則是嚴重的腹瀉，這是主要臨床表現。在應用抗生素治療過程中間，如突然發生腹瀉或者是原有的腹瀉反而加重，則有可能發生腸道菌群的失調。本病的腹瀉多為淡黃色、綠色的水樣便，有時候像蛋花湯一樣，具體如下：一、真菌感染可以呈泡沫樣的稀便，伴有腥臭味，甚至是膿血便。二、如果是葡萄球菌感染，可以排黃綠色的稀便每天3-20次，伴有腹痛，腹痛一般不太明顯，腹瀉較嚴重的病人，可以伴有脫水的表現，電解質紊亂較為常見，可以有血尿素氮的升高、血壓下降等等。三、如果是白色念珠菌感染，一般多從上消化道開始蔓延到小腸，甚至是肛門也有不適的感覺。腸道菌群失調如果治療不及時，可以擴散到呼吸道、泌尿道甚至是腦組織。四、綠膿桿菌感染能產生藍綠色熒光素，使糞便帶綠色，但並不經常引起腹瀉，少數的病人可能會有腹痛，伴有惡心、嘔吐、電解質紊亂等等。隻有極少數的重癥可以發生休克，也就是血壓下降、四肢濕冷的表現，甚至最嚴重的可以出現精神恍惚、意識障礙等等。
