肝硬化病因有多種，絕大多數肝硬化不是遺傳性疾病。肝硬化最常見的病因是肝炎後肝硬化，主要是乙肝和丙肝病毒感染以後導致的肝硬化，這種肝硬化不是遺傳性疾病，而是傳染性疾病，主要是通過血液、體液以及生活密切接觸傳染，可以通過註射疫苗減少發病率。肝硬化常見的病因還有酒精，酒精可以引起肝臟的炎癥、脂肪肝，最終導致肝硬化，不酗酒、早戒酒可以避免酒精性肝硬化。非酒精性脂肪肝也有部分病人最終發展為肝硬化，這也不是遺傳性疾病，通過控制飲食、增加運動，可以避免非酒精性肝硬化。自身免疫因素可以導致肝硬化，比如原發膽汁性肝硬化以及自身免疫性肝炎的肝硬化，這種肝硬化主要是自身免疫紊亂而導致肝臟損傷，自身免疫的紊亂可能會有遺傳易感性的原因。此外，藥物、毒物、肝臟缺血、淤血以及營養不良都可以導致肝硬化，但這些原因導致的肝硬化都是不遺傳的。少數遺傳代謝性疾病也可以導致肝硬化，這是肝硬化的少見病因，比如銅代謝紊亂引起的肝豆狀核變性，鐵代謝紊亂引起的血色病，以及酪氨酸代謝異常導致的酪氨酸血癥，都可以發展成肝硬化，這種肝硬化是有遺傳傾向的。
