對於腓骨肌萎縮癥，目前沒有特別有效的治療手段，目前的主要治療方法還是對癥治療，或者支持治療。對於出現畸形的患者，可以采用矯形器的方法，比如畸形足可以穿矯形鞋，指導患者進行康復訓練，也可以改善患者的生活質量。在康復治療中，腓骨肌萎縮癥以改善行走能力和生活質量為目標，包括力量訓練，還有拉伸訓練，維持肌肉力量，防止肌肉萎縮，以及應用適當的一些儀器或者矯形器來鼓勵患者活動，並提高安全系數。同時要囑咐患者控制體重，避免肥胖增加運動的負荷，增加關節或者肌肉負擔。康復鍛煉是治療的重要環節，包括耐力訓練，還有力量訓練。維持肌肉力量，提高有氧的運動能力，改進體能，保持運動幅度，避免關節攣縮。對於畸形比較嚴重的患者，也可以采用外科的矯形手術。
