腹瀉的時候肚子疼主要原因是腸道蠕動增快，引起內臟感覺神經過度的刺激，腸腔可能會擴張、牽拉出現內臟源性的疼痛。這種疼痛往往定位不太準確，主要以臍周為主，疼痛可以是絞痛、鈍痛、脹痛等情形，很少會有絞榨樣的疼痛。疼痛發生的時候可能腸道蠕動增快，就會要上廁所，這時候就會排便，大便往往是稀水樣便，伴有不消化的食物，疼痛會在排便以後稍微緩解，但很快可以再次發生，這種疼痛一般采取對癥處理。如果排除腸梗阻等病因，可以運用解痙的藥物，當然一定要在有效的醫療保障的情況下，才能夠用解痙和止痛的藥物，防止掩蓋病情，延誤瞭嚴重疾病的盡快診治，如腸梗阻、腸穿孔、腸套疊等。如果是普通的感染因素或者是進食不當的腹瀉、肚子疼，就是由於腸道蠕動增快，可以用調節腸道動力的藥物、澀腸止瀉的藥物，都能達到比較好的療效。
