兒童的矮小癥分類比較復雜，有的可以根據外觀勻稱和不勻稱來分類，也可以根據生長激素缺乏和不缺乏來分類。常見的矮小原因有宮內發育遲緩，包括雙胎，還有兒童生長激素缺乏性矮小、甲狀腺功能低下性矮小、皮質醇增多癥、傢族性矮小、特發性矮小，也就是生長激素不缺乏性矮小，但由於生長激素的生物活性不足也會造成矮小。青春發育延遲矮小、遺傳代謝疾病、維生素D缺乏矮小、骨骼發育導致矮小，比如軟骨發育不良性矮小，還有心因性矮小，比如心理出現障礙而影響生長發育等，比較復雜。還有特殊類型的遺傳代謝性疾病，其非常專業，不再贅述。
