肌間靜脈血栓在得到有效處理後，往往不是特別嚴重。肌間靜脈血栓也屬於深靜脈血栓，但是屬於深靜脈血栓的周圍型，發生於肌間靜脈，因為血栓較小，所以形成致死性肺動脈栓塞的可能性較小，但是也需要積極、有效的抗凝治療及臥床休息。因為肌間血栓得不到有效的治療，血栓很容易蔓延，蔓延至膕靜脈或髂股靜脈，形成中央型深靜脈血栓，血栓則很容易脫落，形成致死性肺動脈栓塞。所以對於診斷肌間靜脈血栓的患者，還是建議早期臥床休息，進行積極、有效的抗凝治療，要足量、足療程的抗凝。這樣可以有效抑制血栓蔓延，防止血栓脫落，而形成致死性疾病。
