目前認為腸易激綜合征的發病，與以下幾個方面的因素有關：胃腸道動力紊亂、內臟敏感性異常、中樞神經感覺異常、腸道感染及炎癥反應、精神心理因素等。臨床上治療，主要從以下幾個方面：調整飲食。首先應該改變以往的不良飲食習慣，避免易引起過敏食物和刺激性食物，減少脂肪性食物，及減少辛辣、生冷、咖啡、濃茶、酒精的應用，減少產氣食物，如乳制品和豆制品，減少高纖維素食物的攝入。要調整心情，盡量放松心情，適當運動，可聽舒緩的音樂，必要時可請心理神經專科，給予專業的疏導和藥物治療。藥物治療，如果腹痛明顯，可使用鈣通道阻滯劑、膽堿能受體拮抗劑，比如阿托品、顛茄等藥物，但要註意藥物的不良反應和禁忌用藥。對於便秘型患者，可適度應用通便劑。腹瀉為主的腸易激對綜合征，可給予益生菌和止瀉劑，如芽孢桿菌、蒙脫石散等，也可酌情應用促胃腸動力劑。有些中醫中藥，對部分腸易激綜合征患者，有扶正固本的作用。
