偏頭疼的患者常常反復發作，發作期可以使用非甾體類的止痛藥，如芬必得、扶他林或者去痛粉。如果效果不好可以口服曲普坦類的藥物，多能收到明顯的效果。對於經常反復發作的偏頭痛患者也可以使用預防性的用藥。預防用的用藥包括幾大類，如鈣離子拮抗劑，像維拉帕米、鹽酸氟桂利嗪。還有抗癲癇藥，如丙戊酸鈉、托吡酯等藥。此外也可以使用5-羥色胺再攝取抑制劑等抗焦慮抑鬱的藥物，常用的有帕羅西汀、舍曲林，還可以使用雙通道的藥物，如度洛西汀、文拉法辛等，都能收到比較好的效果。目前還有新型的治偏頭痛等藥物，如降鈣素原基因相關肽也可以使用。
