肝膽管結石的手術治療方法有很多，需要根據肝膽管結石的部位、有沒有合並膽管狹窄以及肝臟萎縮的情況來決定。常用的手術方法有肝切除術、有膽管小腸吻合術、有膽管切開取石術和肝移植術。其中肝切除術是最常用也是最有效的手術方法，主要是針對局限於肝臟內某一區域內的結石。如果同時合並有肝膽管狹窄、肝組織萎縮、膿腫及膽瘺、膽道出血甚至膽管癌這些情況，切除范圍就要擴大瞭，否則很容易導致結石殘留、復發、膽管損傷等情況。膽管切開取石術和膽腸吻合術主要是針對肝外膽管狹窄合並結石的有效的治療手術。但對於肝內膽管結石以及狹窄的治療效果是有限的，全肝膽管充滿型的結石、肝功能受損甚至危及生命的情況，以及合並有肝硬化門脈高壓癥、肝膽管硬化性膽管炎、囊狀擴張癥等這些情況，肝移植無疑是最佳的選擇，但肝移植因為存在供肝短缺、倫理問題和經濟問題，在我國還無法普及。
