治療間質瘤的藥物會首先選擇伊馬替尼，伊馬替尼可以做一線治療，可以做術前的治療和術後輔助治療，可以作為CD117陽性的病人，C-kit外顯子9突變的病人都可以選擇伊馬替尼治療。另外如果伊馬替尼效果不好，可以選擇舒尼替尼，另外還可以再選擇瑞戈非尼。病人還要做基因檢測，看一看有沒有一些新的基因突變，因為間質瘤是由一些間充質細胞惡變導致，因此它的酪氨酸激酶受體KIT和血小板衍生生長因子受體有突變，可能需要一些新的靶向藥物，新的一些治療方案，因為是有一些基因改變，所以還要不停的調整基因治療、基因的檢測，同時要給予做手術和局部的治療。
