卵巢的巧克力囊腫，也就是卵巢子宮內膜異位囊腫，有可能會影響懷孕。盆腔的子宮內膜異位癥有多種表現形式，包括子宮腺肌癥、卵巢的子宮內膜異位囊腫，也就是巧囊，還有盆腔深部結節型的子宮內膜異位癥，都可能由於各種原因引起不孕癥。內膜異位癥的病人不孕率可以高達50％，其中大約20％左右的病人有中度以上的病變。引起不孕的原因比較復雜，主要與以下因素有關：首先，出現盆腔的解剖結構的異常，重度子宮內膜異位癥的病灶可以導致盆腔局部的粘連。輸卵管和卵巢周圍的廣泛粘連，會導致輸卵管的梗阻，引起扭曲。輸卵管蠕動異常，會影響受精卵和運輸功能。其次，盆腔內的環境的改變，子宮內膜異位癥病人的腹腔液中含有的激素物質會導致不孕癥。然後，卵巢的功能異常，尤其是卵巢巧克力囊腫。由於卵巢組織受到子宮內膜異位病灶的侵襲，導致卵巢功能受損。即使有排卵也有可能會導致黃體功能不足，引起不孕癥。
