克羅恩病是炎癥性腸病的一種，炎癥性腸病是一類多種病因引起的異常免疫介導腸道慢性及復發性炎癥，有終生復發傾向。病因和發病機制是由環境、遺傳、感染和免疫多因素相互作用所致，具體如下：第一、環境，飲食、吸煙、衛生條件、生活方式或暴露於某些不明因素，都是可能的環境因素。第二、遺傳，炎癥性腸病發病具有遺傳傾向，炎癥性腸病患者一級親屬發病率顯著高於普通人群，而患者配偶的發病率不增加。第三、感染，多種微生物參與炎癥性腸病的發生與發展。第四、免疫，持續的天然免疫反應及TH1細胞異常激活等，釋放出各種炎癥介質及免疫調節因子，參與瞭腸黏膜屏障的免疫損傷。因此，炎癥性腸病的發病機制，可概括為環境因素作用於遺傳易感者，在腸道菌群的參與下，啟動瞭難以停止發作與緩解交替的腸道天然免疫及獲得性免疫反應，導致腸黏膜屏障損傷、潰瘍經久不愈、炎性增生等病理改變。
