神經系統疾病治療應當取決於病因學的治療，可以分為需要抗生素治療的炎癥性疾病，如顱內細菌性的感染或者病毒性感染，則需要應用抗病毒的治療。此外，由顱內腦血管疾病引起的疾病，應當明確是否是動脈硬化引起的腦血管病，如果出現這樣的情況，應當予以抗動脈硬化治療，必要的時候予以神經介入治療。如果是某些人出現自身免疫性的疾病，而引起神經系統的疾病，如重癥肌無力，則需要進行激素免疫抑制治療。如果神經系統的疾病是由於腫瘤引起，則需要針對腫瘤進行治療。此外神經系統的疾病還可以改善腦部代謝，以及促進微循環等藥物來輔助治療，維生素B族也可以起到營養神經對癥治療的作用。
