巧克力囊腫又叫盆腔子宮內膜異位癥，是子宮內膜異位癥最主要的表現形式，當具有生長功能的子宮內膜組織出現在子宮腔被覆黏膜以外的其它部位時，稱為子宮內膜異位癥。雖然異位的子宮內膜可以生長在遠離盆腔的部位，但是絕大多數都會位於盆腔內生殖器以及其鄰近器官的覆膜上，稱為盆腔子宮內膜異位癥。子宮內膜如果出現或生長在子宮肌層內，稱為子宮腺肌癥，這也是另外一種常見內異癥的表現形式。盆腔子宮內膜異位癥也就是巧克力囊腫大約占75%，卵巢受累達到一半以上，因為卵巢的子宮內膜異位癥是最多見的，卵巢受累時病變早期表現在表面或者是表層以內可見到紫褐色斑點或者小皰。隨著病變的進展，卵巢內的異位子宮內膜反反復復的出血形成囊腫，主要以單個常見，稱為子宮內膜異位囊腫，因為裡邊含的新鮮血逐漸機化，形成一種暗褐色、黏稠狀的陳舊血，就像巧克力液體一樣，因此稱為巧克力囊腫。經期的時候囊腫內出血增多使囊腔壓力增高，囊壁出現小的破口，少量的血液就會滲漏出來，滲漏的血液會使周圍的腸管或者周圍的組織包繞，出現纖維化，形成一種緊密的粘連，因此子宮內膜異位癥經常會出現盆腔粘連的情況。
