如果囊腫指的是卵巢囊腫，一般是不會影響月經。卵巢囊腫是較為常見的婦科疾病，根據卵巢囊腫的性質不同，可以分為生理性囊腫和病理性囊腫，具體如下：一、生理性的囊腫大多數見於月經後半期，在排卵以後形成的卵巢黃體囊腫。黃體囊腫是月經正常周期的表現，由於排卵以後黃體形成生理性囊腫，所以不影響月經。二、病理性囊腫可能是有卵巢炎性囊腫或者卵巢子宮內膜異位囊腫。卵巢炎性囊腫是由於慢性盆腔炎癥所導致局部的炎性組織，往往是輸卵管和卵巢共同包裹形成炎性腫物，一般不會影響月經，但是會出現腹痛和發燒的癥狀。卵巢子宮內膜異位囊腫，子宮內膜異位囊腫又稱為巧克力囊腫，巧克力囊腫的主要表現是腹痛和痛經，一般對於月經周期是沒有太大影響。如果是卵巢巧克力囊腫較為嚴重，侵犯到卵巢組織，導致卵巢組織功能衰退，也有可能影響月經。
