1、地區區別：聖女果是從臺灣引進的，對於生長環境要求不高，所以很多的地方都能種植，產量也比較大，從每年的7-8月隻來年的2月份都能吃到口味純正的聖女果。而千禧果是從聖女果優選品種中培育出的新品種，產地主要在海南和廣西、廣東地區，上市時間一般在每年的年底到開春。
2、外觀區別：聖女果又稱小西紅柿、小番茄果、櫻桃番茄等，是西紅柿品種之一，外觀玲瓏可愛，果型偏長，色澤偏黃。千禧果的果型是圓圓的，個頭也要比聖女果要小一號，色澤艷麗，呈深紅色，特征比較明顯。
3、口味區別：聖女果的味道和西紅柿的差不多，但是含糖量比西紅柿高一些，所以味道有點偏酸，品質好的甜度較高。而千禧果是從聖女果中選育出的，所以它的甜度比聖女果更高，吃起來想水果一樣，口感也要比聖女果要好些。
