1、低溫保存
如果不是經過包埋技術處理過的益生菌固體飲料粉劑，而是益生菌液體等，最好低溫冷藏保存，這樣才能最大限度地保持其中活性益生菌的數量。一般來說，益生菌活性會隨著溫度的增加，不斷削減，當然也有例外，例如凝結芽孢桿菌，能夠在80℃的熱水中存活。還有一些特別研制的益生菌也可能在常溫，甚至高溫中保存。
2、避光
同時，益生菌產品和很多產品一樣，要避免陽光直射導致的活菌過度發酵情況。活菌過多發酵，除瞭影響口味之外，還會損害活性的調節能力。
3、註意保質期
所有的益生菌產品都有保質期，要註意在保質期內吃完，才不至於讓益生菌失去活性。一般來說，要用益生菌來調節身體，最好是每天至少一條，按照這個補充量，就不可能存在過期的情況。
