1、幼苗帶菌。辣椒本身根系較淺，不同於番茄和黃瓜的根系，所以在育苗時應該以養根為主，如果苗床沒有做好消毒工作，那麼苗期就會出現旺長現象。如果在引苗時待病菌，辣椒幼苗成活率必然很低，所以在引苗時不能隻看品，還需觀察幼苗發育情況。
2、土壤鹽害。農戶長期使用化肥，造成有機質含量過低，土壤透氣性較差，而土壤板結也是造成辣椒苗期成活率低的原因之一。而有些農戶使用的農傢肥未完全腐熟就施入，或者是過量使用氮肥，土壤鹽漬程度嚴重，造成幼苗成活率低。
3、多年連作。多年連作造成土壤中的病原菌和蟲卵累積嚴重，這些地塊時非常不利於辣椒生長的，而如果和非十字花科的蔬菜實行三年以上的輪作，那麼成活率會大大的提高。
4、澆水過大。在辣椒苗期一般不要采取大水漫灌，應該小水勤澆，高壟栽培，澆水過多會造成土壤濕度過低，尤其是低壟走，極易出現缺氧漚根現象，造成辣椒爛根。
5、蟲害。一般用農傢肥的地塊蟲害都比較養殖，地下害蟲會對辣椒幼苗直接造成傷口，加強病菌的侵染，從而造成辣椒死棵。
如何防止辣椒移栽後死棵
防治方法：首先是要引進無菌苗，尤其是要從正規育苗單位引苗；二是要在以前用微生物菌劑進行蘸根或者灌根，對於已經出現萎焉癥狀的幼苗及時用藥劑灌根。而對於已經出現根腐現象，根部呈深褐色，首先要用多菌靈、惡黴靈進行灌根產量，之後再用復合微生物肥料進行灌根，這樣可以大大的提高辣椒幼苗的成活率。對於地下蟲害，可以用阿維菌素有機肥作沖肥，也可以用阿維菌素灌根，嚴禁使用劇毒農藥。
