1、改變病原微生物細胞膜的通透性：表面活性劑、酚類及醇類可導致胞漿膜結構紊亂並幹擾其正常功能。使小分子代謝物質溢出胞外，影響細胞傳遞活性和能量代謝，甚至引起細胞破裂。
2、幹擾、破壞病原微生物的酶系統，許多消毒劑能破壞微生物的酶系統，從而影響微生物的代謝，發生抑菌和殺菌作用。如某些氧化劑和重金屬鹽類能與細菌的巰基結合並使之失去活性。
3、使病原微生物的蛋白質凝固、變性酸、堿和醇類等有機溶劑可改變蛋白構型而擾亂多肽鏈的折疊方式，造成蛋白發生不可逆的變性、凝固，導致結構蛋白和功能蛋白都遭受嚴重破壞。如乙醇、大多數重金屬鹽、氧化劑、醛類、染料和酸堿等。
