1、幹貨保存：用保鮮盒或者密封保鮮袋密封好，再將其放置冰箱的保鮮格進行保存。還有一種保存方式，是將燕窩放到陰涼通風的地方，徹底風幹，不可直接面對太陽暴曬，以避免營養成份流失，風幹後，再將其放置陰涼無潮的櫥櫃等處，正常溫度以不超過35℃為宜。
2、濕貨保存（已浸泡完畢的燕窩）：用保鮮膜將其包好並密封或用幹凈的器皿盛裝並密封好，再將其放置冰箱的冷凍格；這樣做的好處在於可防浸泡後的燕窩進水、進油及冰箱內其它食物的串味；為瞭方便燉制，也可在保存前先行分包（按每次燉制的量分）。浸泡好的燕窩在冰箱的冷凍保存時間在30天左右為佳，建議經常食用燕窩的消費者在浸泡時，不可一次浸泡過多，盡量保持吃多少，發多少以及把握食用進度，遵循先泡先吃的原則。
3、濃縮保存：在未開封之前貯存於冰箱的冷藏格或陰涼幹燥處，打開之後需在15-20天內食用完畢，在開封的食用過程中，須存於冰箱冷藏。若無法在7-10天食用完，請放至冰箱冷凍，下次吃時，再先行取出解凍。
4、即食燕窩系列：須放置幹燥之處，切忌陽光直射，常溫下可保存兩年，開瓶後，須保鮮放在4-6攝氏度的冰箱內，建議4天內食用完畢。
