1、分公司可以開獨立發票。但必須取得營業執照以及國、地稅務登記證。分公司在進行瞭稅務登記後，可以向稅務局申領發票。
2、你公司設立的分公司如果是一般納稅人，你們就可以互相開具增值稅專業發票。
3、如果分公司是小規模納稅人，他隻能給你開具普通發票，而且總公司不能抵扣；你也隻能給他開具普通發票，在他那裡不存在著抵扣問題。
4、但是小規模納稅人可以向稅務部門提出申請，委托代開增值稅稅率為3%(自09年起不再區分工、商業，一律按照3%征收)的專用發票，但是對方公司隻能3%的進項稅額，從自己的銷項稅額中抵扣。
綜上所述，通過以上的內容我們可以知道分公司可以開獨立發票，但辦理收非常麻煩，如果覺得麻煩，也可以由總公司統一寄出發票。
