支原體感染既可以引起上呼吸道感染，也可以引起肺炎，還可以造成一系列的肺外表現。上呼吸道感染發生率可能是肺炎發生率的二十倍，支原體感染通常表現為咽炎、氣管支氣管炎、反應性氣道疾病，如喘息或者是非特異性的上呼吸道綜合征。另外，還有一部分是導致中耳炎。肺炎發生於3%-13%的感染者，支原體感染的時候還可能出現一系列的肺外表現，包括神經、皮膚、心臟、風濕和血液系統的臨床癥狀。這些肺外表現也可以由感染播散引起，或者是一種自身免疫現象，但是肺外表現總體並不常見。所以支原體感染會引起從上呼吸道癥狀到下呼吸道的支氣管炎、肺炎，以及肺外的表現，支原體感染並不能籠統的說是肺炎，支原體感染可以引起肺炎，這是兩個不同的概念。
