大部分的橋本甲狀腺炎甲狀腺功能是正常的，如果甲功正常就不需要用藥，生活中註意低碘飲食，定期監測甲功，一部分橋本甲狀腺炎也可以表現為甲狀腺功能異常。橋本甲狀腺炎早期由於甲狀腺組織破壞，甲狀腺濾泡內儲存的甲狀腺激素釋放入血，導致一過性的甲狀腺功能亢進，這種甲狀腺功能亢進通常不需要抗甲狀腺藥物的治療，一般1-2個月後可以自行緩解。也有一部分橋本甲狀腺炎表現為甲狀腺功能減退，通常一旦發生甲狀腺功能減退，常常是永久性的甲狀腺功能減退，需要終身采用甲狀腺激素的替代治療，給予左甲狀腺素鈉片從小劑量開始，根據甲狀腺功能調整劑量，使甲狀腺功能恢復正常。近年來有研究表明硒制劑可以調節免疫，有助於緩解橋本甲狀腺炎的自身免疫過程，但在臨床上效果不肯定。橋本甲狀腺炎如果甲狀腺功能正常，可以定期觀察，不需要特殊用藥。如果發生甲狀腺功能減退，需要給予甲狀腺激素替代治療。
