使用甲巰咪唑幫助治療甲亢通常非常安全，沒有明顯的服用以後的癥狀。甲巰咪唑服用以後可以讓甲狀腺合成甲狀腺激素減少，對於已經合成的甲狀腺激素不會起到明顯作用，因此甲亢的患者服用甲巰咪唑以後不會馬上起效，因為甲亢的時候合成過多甲狀腺激素，已經儲存在倉庫裡面，而且源源不斷釋放入血。甲巰咪唑的作用強度比較高，而且半衰期比較長。另外甲巰咪唑對肝臟的影響相對小，安全性比較好，服用的時候醫生也會告訴患者需要註意藥物不良反應，比如警惕出現是否白血球減少，患者自己應該註意是否出現感染。患者初期使用甲巰咪唑的時候出現感染，比如發熱、咽痛，應該隨時在醫生的指導下復查白血球。如果出現皮膚瘙癢、皮疹，可能是藥物過敏，是否減藥或停藥應該在醫生指導下來幫助選擇。如果服用甲巰咪唑以後，出現面部發黃、尿發黃、肝區不舒服、食欲減退，要及時化驗肝功能，防止藥物的肝損傷。甲巰咪唑治療甲亢剛開始的時候療效不會非常明顯，但是隨著時間的推移，比較明顯的甲亢往往在0.5-1個月的時候癥狀會明顯減輕，而且藥物安全、有效。
