確定和確診直腸癌應該是99%的都要通過做結腸鏡取活檢，通過腸鏡可以直觀地看到整個結腸和直腸情況，有沒有腫物以及腫物的大小、位置、形狀，同時把腫塊取一塊組織送化驗明確病理，這是確診直腸癌的手段。但是也有極少數情況會出現取不到真正癌細胞，尤其是腫塊合並潰瘍，這時通過腸鏡很難取到癌細胞，很多時候可能取到的是炎性組織，活檢的結果報告是慢性炎癥，甚至腺瘤性物質，但實際上沒有取到癌變組織，這是臨床中比較困難的情況。如果幾次都取不到但是通過CT或者核磁共振，明確發現直腸腫塊或者占位，在和患者、傢屬溝通好的情況下可以手術切除，手術後根據病理明確診斷，這既有治療也有診斷的價值。還有少數情況就是腫瘤的位置在直腸中下段，如果常規的腸鏡取不到，可以經肛門直視下切取活檢，就是切取一塊腫瘤組織送化驗，這個腫塊要比一般腸鏡下取得組織大得多，就更容易明確診斷。
