紅斑狼瘡晚期癥狀表現主要是累及多器官、多系統引起的並發癥，最嚴重的並發癥也是系統性紅斑狼瘡死亡的主要原因，包括腎衰竭、狼瘡腦病和繼發嚴重的感染。75%的系統性紅斑狼瘡有腎臟的損害，一般表現為腎炎和腎病綜合征，嚴重的可以出現腎功能不全甚至尿毒癥，導致死亡。精神神經癥狀是狼瘡嚴重的表現之一，主要與腦血管受累有關，常在狼瘡的晚期出現，精神癥狀表現為抑鬱、癡呆、少語，也可表現為癡狂、幻覺、精神錯亂。神經系統受累的時候表現癲癇樣發作、腦炎，出現脊髓和周圍神經的損害引起狼瘡腦病，也是死亡的一大原因。還有嚴重的感染，因為紅斑狼瘡會累及各個器官和系統，血液學包括白細胞、血小板，這些指標的降低會導致機體免疫力的低下，容易引發炎癥的感染。感染也是狼瘡患者晚期的癥狀，也是導致死亡的一大原因。
