手足口病主要有三個方面的並發癥，肺炎、心肌炎、腦炎。肺炎往往都不太嚴重，不需要使用抗生素，心肌炎表現出來的是心肌酶的升高。嚴重的心肌炎可能會有心律失常，心功能下降，最主要的我們擔心的就是手足口的腦炎，我們可以會發現孩子有嗜睡、乏力、頻繁的嘔吐、肢體抖動、易驚，當然我們說手足口死亡病例，主要是由於腦炎、腦幹腦炎還有腦脊髓膜炎，以及最嚴重的最可怕的一種情況就是神經源性的肺水腫，也就是在神經系統受累以後，因為交感神經興奮，孩子表現出來的血壓高，心率快，最後心功能衰竭，然後肺水腫、肺出血，會危及生命。腦脊髓膜炎也可能會影響到孩子的肢體，肢體活動障礙，無力，有的可能會表現癱軟，表現出一種急性遲緩性麻痹的癥狀，需要和脊髓炎來鑒別。
