如果出現甲胎蛋白大於等於400μg/L，持續一個月或者大於等於200μg/L，持續兩個月，影像學檢查發現肝內占位且B超CT或者核磁至少有一項有典型的肝癌表現，就可以診斷為肝癌。但是需要與其他疾病要進行鑒別，比如慢性肝炎患者肝病活動的時候，甲胎蛋白與ALT同步升高，多為一過性升高或呈反復波動性，一般不超過400μg/L，時間也比較短暫；如果甲胎蛋白與轉氨酶升高不一致和（或）甲胎蛋白持續高濃度，則應該警惕肝癌的可能。其他情況包括妊娠、生殖腺胚胎源性腫瘤以及個別的胃腸道腫瘤患者血清甲胎蛋白也可以明顯升高。鑒別主要通過病史體檢以及腹盆腔B超CT，必要的時候要進行胃鏡及結腸鏡檢查。
