胚胎停育的原因有很多種，具體如下：第一、最常見的原因是染色體異常，還有接觸瞭一些致畸物。染色體異常占到自然流產，也就是胎停育總數的50%以上。大部分的染色體是非整倍體，比如21三體、22三體、16三體，其它的還有可能有三倍體、四倍體。孕媽的年齡越大，相對來說染色體異常的發生率越高。第二、如果媽媽暴露在一些致畸物裡面，比如說高溫、發燒、媽媽有血糖沒有控制好的糖尿病，還有接觸瞭汞等一些化學制劑，都有可能引起胎兒的先天畸形，引起自然流產。第三、如果媽媽子宮有畸形或者受到瞭一些病毒的感染，本身有內分泌的原因，比如說甲狀腺功能異常、多囊卵巢綜合征。第四、如果媽媽有一些自身免疫性疾病，抗磷脂抗體綜合征、紅斑狼瘡等，這些都是胚胎停育的原因。
