頭疼要掛哪個科室就診取決於不同的病因，應分清主、次及輕、重、緩、急，繼發性頭痛要掛原發病的科室就診，一旦原發病好瞭，頭痛會自然緩解，如感冒等呼吸道感染伴發燒時，由於炎性因子的刺激可以發生頭疼，這時應該掛內科或發熱門診治療感染性疾病。高血壓、心臟病或者冠心病患者服用擴張血管的藥物引起頭疼，應掛心內科。慢性的肝、腎功能不全患者，毒素在體內堆積造成的頭痛應掛內科。嚴重的肺氣腫、肺心病造成的缺氧性頭痛，以及貧血繼發的頭痛都需要掛內科，頭部外傷引起的頭痛掛神經外科。剩下的情況基本上就都要掛神經內科，如既往沒有造成頭痛的疾病的病史，而新發的頭痛，進行性加重的頭痛，伴有視物不清、抽搐、肢體麻木無力、言語不清或者惡心、嘔吐、發熱或者伴有神志不清，都需要掛神經內科就診。
