舌咽神經痛在發病早期，由於疼痛比較輕微，可以服用類似於卡馬西平，或者奧卡西平的這類藥物，因為它能夠抑制神經傳導沖動，所有能夠緩解這種疼痛。它雖然不能根治這種疾病，但是能使疼痛減輕，延長疼痛發作的時間。但是隨著病程延長，頻率越來越高，疼痛程度越來越重，它的范圍也可能慢慢擴展，所以最首選的治療方法就要針對它的病因來治療，就是進行舌咽神經根部的減壓術。因為它的病因絕大部分都是由於舌咽神經根部在腦子裡面，在腦幹的這個部位受到周圍血管擠壓導致的，所以我們把壓迫的血管推開，把病因給它去掉，就能根治這種疾病。有的舌咽神經痛的病人，病因並不是血管擠壓導致的。因為有的病人的病因不是非常明確，這種可以進行舌咽神經選擇性的切斷術，術後患者疼痛就能消失。但是如果身體狀況特別差的病人，也不能耐受微創的開顱手術，那怎麼辦？這也可以考慮進行舌咽神經的射頻消融術，可以在頸靜脈孔，或者在頸突處損傷一部分舌咽神經，不讓神經沖動傳導過去，這樣也能緩解疼痛。
