新型冠狀病毒核酸檢測是確診新型冠狀病毒的依據之一，因為在《新型冠狀病毒肺炎診療方案(第七版)》中指出，確診病例需要疑似病例同時具備以下病原學或血清學證據之一者，實時熒光RT-PCR檢測新型冠狀病毒核酸(+)，這是確診的依據之一。新型冠狀病毒核酸檢測的原理是所有生物除朊病毒外都含有核酸，核酸包括脫氧核糖核酸，也就是DNA，還有核糖核酸，也就是RNA。新型冠狀病毒是一種僅含RNA的病毒，病毒中特異性RNA序列是區分該病毒與其他病原體的標志物。通常檢測新型冠狀病毒特異性序列的方法，最常見的應用是熒光PCR的方法，因PCR反應模板僅為DNA，因此在進行PCR反應前，應將新型冠狀病毒核酸逆轉錄為DNA。在PCR反應體系中，包含一對特異性引物以及熒光標記探針，但該探針為一段特異性寡核苷酸陣列，兩端分別標記瞭報告熒光基團和淬滅熒光基團。探針完整時，報告集團發出的熒光信號被淬滅基團吸收。如反應體系存在靶序列，PCR反應時探針與模板結合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性將探針酶降解，報告基團與淬滅基團分離發出熒光，每擴增一條DNA鏈就有一個熒光分子產生。熒光定量PCR儀能夠監測出熒光到達預先設定閾值的循環數與病毒核酸濃度相關，病毒核酸濃度越高，循環數閾值越小。不同生產企業的產品，依據自身產品的性能可以確定本產品的陽性判定值。
