由於陰莖皰疹是病毒感染，所以並沒有根治的方法。陰莖皰疹屬於生殖器皰疹的一種，為HSV-1或者HSV-2感染所導致，一般要靠自身抵抗力來使病毒逐漸清除。臨床上所謂的抗病毒治療，主要是為瞭緩解癥狀、減輕疼痛、縮短病程，防止繼發感染，預防和減少復發，而並非能夠達到根治的目的。在治療上，主要是保持局部清潔、幹燥，每天清洗，疼痛者可以口服止痛藥，並發細菌感染者，一般用抗生素藥膏來治療，疼痛明顯者，也可以外塗利多卡因乳膏，使用阿昔洛韋、更昔洛韋或者伐昔洛韋口服，進行抗病毒治療，局部也可以使用更昔洛韋或者噴昔洛韋乳膏，一般初發的陰莖皰疹，療程稍微長一些，復發的療程可以稍短，一年之內特別容易復發，但一般復發的癥狀不如初發時的癥狀重。平時應該禁止性生活，預防生殖器皰疹，采用保護措施，增強體質，適當鍛煉，這樣才能減少復發的機會。
