1、草甘膦使用不當，會對果樹產生直接藥害。當草甘膦不慎飄落在果樹上時，綠色部位(主要是葉片)藥液集中處會變黃，變紅，最後變褐枯萎死亡。
2、土壤殘存部分草甘膦，會對果樹產生間接藥害。作為內吸傳導型除草劑，部分殘留在土壤中未鈍化的草甘膦可以經由根系吸收傳導至整株，影響植株的正常生理功能。
3、草甘膦還會影響根系對養分的吸收和傳導。草甘膦易與土壤中的鐵、鋅等金屬離子結合，鐵，所以長期使用草甘膦有可能造成土壤中鐵、鋅等元素缺乏，造成果樹缺素。同時，草甘膦濃度偏高時本身也會對果樹的根系產生脅迫。
由以上可以看出，草甘膦對果樹的危害是比較大的，對於長期使用的果園建議停用，以降低土壤殘存量。可改用對果樹傷害較小的草銨膦作為代替，草銨膦內吸性弱，相對安全一些。實在要用草甘膦，也應避開陰雨天、大風天，在土壤濕潤的時候也不宜使用。
