1、用微生態制劑抑制甲藻的繁殖：“聚能菌素”、“活水益生素”等含有多種有益微生物，可以有效抑制甲藻。
原理：?通過生物競爭，平衡氮磷比例，從根本上防止甲藻的爆發；微生物通過大量繁殖，與甲藻爭奪氧氣和營養元素，抑制其光合作用，減緩甲藻繁殖速度，同時穩定水體的pH值。建議先用“藻毒分解片”+“藻毒分解素”解毒，再用底改酵素吸附水中有機質與無機鹽，降低水體肥度，創造不利於甲藻生長的養殖環境，2～3小時後排水20～30公分（可分2～3次排）。隔天上午使用“紅螺壯”+“噬菌肽”凈水。
2、排上層水同時註入優質的外源水，換掉部分甲藻水。一定要註意加水時間，如果上午大量的加水，往往水會更濃，就跟沒換過一樣!這是因為甲藻生長繁殖得很快瞭，特別是高溫有太陽的時候，我們把水體降低瞭，水溫容易升高更促進瞭甲藻的繁殖，往往導致我們換水的速度趕不上甲藻繁殖的速度!所以甲藻水一般選擇晚上換水。隔天早上先用“底改酵素”抑制甲藻生長，使用“底改酵素”是因為它可以黏附在藻細胞表面，阻斷光合作用，加速藻類死亡或降低水體透明度不利於甲藻生長。2小時後再用“紅螺壯”潑灑，競爭抑制甲藻生長，因為這麼多菌類當中隻有光合細菌“紅螺壯”的營養需求是最接近藻類的，都是自養營養方式的。
3、加大肥水力度：無論在預防還是治療甲藻上，在施用微生態制劑的基礎上，一定要加大肥水力度，平衡水體營養元素，從而加快有益藻的繁殖，使其盡快成為優勢種。實踐證明在養殖期間定期使用“安進肥霸”、“安進肥源”、“安進菌霸”平衡水體的營養元素，以增加有益藻的繁殖，平衡藻相，有效預防甲藻的爆發。
4、套養濾食性魚類，比如白鰱、花鰱、羅非魚，大部分甲藻都能夠濾食性魚類消化食用，從而預防甲藻的爆發。
5、科學投餌，養殖期間投喂餌料按照七到八成飽原則投餌，投餌還需根據天氣、水質、溶氧等變化靈活增減。還可在飼料中定期添加“乳酸菌群”、“鉑富肽-上料旺”等微生態制劑，“轉肝靈”、“優食”等中草藥制劑，促進飼料的消化吸收，減少殘餌對水質、底質的污染。
