1、在茫茫宇宙的某個世界“魔法仙境”裡,善良和邪惡勢力進行鬥爭,在這個奇幻世界中,存在仙靈(winx)、女巫(witch)、小精靈(pixie)、一般人類以及許多其它各式各樣的種族或專業。在第一季到第三季中,身為故事主線角色的仙子們平時住在艾菲城學院內相處、學習,處理戀愛上的問題,還要在各種邪惡勢力造成威脅的時候挺身奮戰。到瞭第四季已經畢業,因任務前往地球,除瞭開一間寵物店,仍然要。住在地球花園市的一個平凡女孩“蕾兒”,在因緣之下認識瞭一位仙子絲黛娜之後,進入魔法仙境的艾菲城學院就讀,在那裡結交瞭幾位仙子朋友,並共同成立瞭“神奇仙子”。
2、一開始來自黑雲塔學院的三妖後原本主要找神奇仙子麻煩,紅山泉學院的男角色也相繼出現。蕾兒逐漸發現自己的身世,並得知自己是神龍聖火的守護天女。三妖後自從被逐出黑雲塔學院以後找到機會對蕾兒下手,奪走神龍聖火之力,召喚魔物大軍席卷整個魔法仙境。蕾兒恢復法力,和神奇仙子同伴們阻止三妖後,最終擊敗三妖後奪回神龍聖火化解危機。某日,仙子萊拉從達卡魔王手中逃脫,昏迷在樹林邊被蕾兒的神奇仙子所救,之後加入神奇仙子並跟著就讀艾菲城學院。而三妖後被安置在光聖修道院進行感化教育。達卡魔王入侵光聖修道院帶走三妖後並收編,命她們為自己尋找秘笈,好解放自己的力量。隨著四部秘笈集齊,達卡魔王成功設計虜獲蕾兒並將她轉變為黑暗蕾兒,欲藉神龍聖火之力啟動秘笈力量,三妖後則以失去利用價值被囚禁。蕾兒最後在藍天呼喚下清醒,神奇仙子在啟動魔法仙咒(Charmix)的情況下完成聚合力魔法擊敗達卡魔王。艾菲城學院、紅山泉學院和黑雲塔學院的聯盟再次成功,大傢回到艾菲城學院慶祝。另一方面,三妖後也逃脫達卡魔王的囚禁。神奇仙子接受法拉剛達的聘書,以魔法老師的身分回到艾菲城學院。不久四位神秘的巫師闖進艾菲城學院發動攻擊,以壓倒性優勢擊敗神奇仙子。當他們抓住蕾兒的時候發現蕾兒不是他們的目標,便丟下蕾兒離開。法拉剛達這才告訴神奇仙子那些巫師是暗黑界巫師,就是他們讓地球仙子絕跡。
3、神奇仙子後來到小精靈村,得知地球上還有最後一位仙子。如果讓巫師抓到最後一位仙子,他們就所向無敵。法拉剛達派神奇仙子前往地球,除瞭找出地球最後一位仙子,還要讓地球人相信仙子的存在。在神奇仙子前往地球後,聖英雄也跟上支援。神奇仙子在地球上進行任務兼修行。讓越多地球人相信仙子,神奇仙子越強大,巫師們越衰弱。神奇仙子在地球上試過幾項工作後,開瞭一間魔法寵物店─Love&Pet;。
4、聖英雄也在類似的遭遇後,在水果音樂吧工作。神奇仙子先找到地球最後一位仙子─蘿西並讓她相信仙子,得到超神靈女(Believix)的力量。後來又得到三種仙翅與三種神之恩賜。一方面要讓更多人相信仙子、阻止巫師的陰謀,另一方面在釋放地球仙子後要化解地球仙子的報復之心。
5、最後人類接受仙子,巫師被擊敗,蘿西的親生母親地球仙後茉佳娜也在傳位給星雲以後和蘿西與蘿西父親克勞團聚。