1、掛藏。用網兜或廢舊的尼龍襪洗凈晾幹，把洋蔥裝入其中，用繩紮緊口，掛於陰暗幹燥通風處保存，可防止洋蔥過早發芽。但是還是建議一次性不要購買太多，最好是兩天內能吃完，久存洋蔥的營養價值會大打折扣。
2、坯藏。這種方法隻限於少量貯藏，把充分曬幹的好洋蔥頭混入細沙土和成泥，制成2.5～5公斤重的土坯，曬幹後堆在通風幹燥的地方，註意防雨防潮。天冷時防凍，發現土坯幹裂時，及時用潮土填補裂縫。
3、垛藏。選擇幹燥通風的地方，用圓木或石塊墊起高30厘米左右、寬1.6米左右的垛底，把充分曬幹的洋蔥辮或把，堆成1～1.6米高的垛，上蓋3～4層席子，四周圍2層席子，用繩子橫豎綁緊，防止日曬雨淋，保持幹燥，垛後封席初期，倒1～2次，每次下雨後都要檢查一下，如有漏水曬幹後再蓋好席子。天冷時加蓋草簾保溫。寒冷地區，當氣溫降到零度以下時，拆垛搬到空屋或倉庫裡繼續貯藏，溫度保持在-2～3℃。上市前放在0～2℃溫度下解凍。
4、切開冷藏。想要冷藏已經使用一半的洋蔥，除瞭用保鮮膜將切面包覆後，放入冰箱冷藏之外，不妨先全部切成方便烹飪的大小，加入適量的鹽混合均勻，再放入保鮮容器中密封冷藏，料理時便能直接使用，非常方便。洋蔥切開後，營養素就會開始流失，氧化的速度非常快，可以使用鹽稍微醃漬，留住洋蔥的風味和品質。
5、切末冷凍。洋蔥切絲或切末，若過程有沾到水可以用廚房紙巾把洋蔥稍微壓幹，再裝入保鮮袋中鋪平、壓出袋內空氣後密封，貼上處理日期的標簽後送入冷凍庫。料理前不必解凍便能使用，且冷凍後的洋蔥因為纖維遭到破壞，很快就能軟化、煮熟。
洋蔥本是比較耐保存的蔬菜，但如果保存的方法不當，也是很容易造成發芽的問題，發瞭芽的乃至長出青苗的洋蔥，雖然不會產生有害人體的物質仍可以吃，但是，洋蔥發芽後營養價值會下降而且味道會較辣。
