1、新型農村合作醫療參保患者須憑本人醫療卡、本人有效身份證（無身份證的憑戶口簿），經確認身份後，在區內鄉鎮級普通門診定點醫療機構可直接刷卡報銷，在區內及區外市內定點醫療機構住院，出院結帳時直接刷卡報銷。
2、在市外二級及二級以上公立醫療機構醫院住院治療的參保患者，應在出院後三個月內，由參保人或其傢屬帶醫藥費用原始發票（復印件無效）、住院醫藥費用匯總明細清單、出院小結及門診病歷、患者身份證、醫療卡、戶口簿、經辦人身份證到區行政服務中心一樓14、15號新農合窗口報銷醫藥費用。
3、特殊病種門診報銷可持二級及二級以上定點醫療機構出具的病歷及有關檢查、化驗報告等相關資料及醫療機構證明書，以及《黃巖區新型農村合作醫療特殊病種門診治療審批表》向新農合業管中心提出申請，經區新農合辦審核批準後，其門診醫藥費用（不包括支持療法、輔助治療或治療其他疾病的醫藥費用）可以列入新農合基金的報銷范圍，按住院報銷標準以年度為單位報銷。
4、因意外傷害的住院患者，出院後還需提交由戶口所在村（居)簽字蓋章的意外傷害引發的原因確認證明以及醫院的病案記錄。對於無法提供有效證明及記錄的，不予受理。
同一統籌期內達到起付標準的、住院兩次及兩次以上所產生的住院費用可累計報銷。超過起付標準的住院費用實行分段計算，累加報銷，每人每年累計報銷有最高限額。存在第三方責任的情況下，發生人身傷害產生的醫藥費依法由第三責任方承擔，如交通事故、醫療事故、工傷等不列入新型農村合作醫療報銷范圍。
