1、幹燥貯藏：油菜籽收獲後應抓緊晴天及時曝曬，曬幹後必須冷涼後方可入倉。曝曬過程中應同時進行整理除雜，以減少帶菌多的灰塵雜物，減輕發熱黴變程度。貯藏時要根據加工的要求和油菜籽的具體情況合理堆存：若含水在10%以下符合加工榨油要求的可矮堆2.5m高，可以存放到夏季高溫前；若需較長時期保藏，水分應降至8%以下矮堆或包裝堆存，供陸續加工榨油；若水分含量為10%-13%，則達不到加工要求，一般隻能保存1-3周，應在晴天及時出曬，把水分降到10%以下才能加工和保藏；若水分達13%以上則隨時都有發熱黴變的危險，應立即采取措施降低水分含量。
2、密封缺氧藥劑保藏：油菜籽新收獲時含水量高，若遇陰雨天無法幹燥時可采用該方法進行短期保藏。方法是：用塑料薄膜嚴密封閉，2-3周內可自然降氧，積累二氧化碳抑制菜籽本身和微生物的呼吸，從而達到保鮮目的。
