1、不建議冷凍保存。
2、無論是新鮮的猴頭菇還是幹的猴頭菇都不建議放冰箱冷凍保存，對於新鮮的猴頭菇來講，它的適宜保存溫度為2-4攝氏度，而冷凍層的溫度過低，會破壞其中的組織細胞，導致猴頭菇的營養流失，使其口感和營養都變差；而對於幹猴頭菇來說，冷凍層的水汽比較多，如果沒有包裹好的話，很容易使水汽滲入而變得潮濕，反而會加速其變質。
3、陰涼通風處存放。猴頭菇是生活在濕冷陰暗的山上的一種腐生菌，在購買之後可以將其直接攤販在陰涼通風處，也可以保存一段時間不變質，但是要註意避免潮濕。
4、冰箱冷藏存放。冰箱冷藏層的溫度比較低，可以抑制細菌的繁殖，延長鮮猴頭菇的保存時間，還可以保持其鮮度，因此猴頭菇置於冰箱冷藏也是一種不錯的保存方法。
5、制成幹品保存。導致猴頭菇腐爛變質的原因之一就是其中的水分太高，因此為瞭延長它的保存時間，可以將它置於陽光底下或者烘幹機中幹燥再保存，這樣可以長時間不變質。
